Molecular Glue R&D Operating System · 课程蓝图 v2

AI 赋能分子胶药物发现与开发

从 induced proximity 到管线决策与平台化建设的可执行研发闭环

绝大多数 TPD 培训只讲“分子胶是什么、AI 可以辅助设计”。本体系围绕一个工程命题展开:如何把分子胶研发从“偶然发现”,变成可设计、可验证、可迭代、可决策的工程体系——并在每一个环节,都先教人怀疑,再教人相信。

13 +1知识模块
10可考核能力
4岗位学习路径
3层价值链
核对至 2026·05 的数据与模型基线 MGTbindMolGlueDBTPDdb PROTAC-DB 3.0TernaryDBDeepTernary AlphaFold3TACK
01

核心命题

AI 如何把分子胶研发从“偶然发现”,变成可设计、可验证、可迭代、可决策的工程体系?

围绕这个命题,整套课程被组织成一个分子胶研发操作系统:把靶点选择、E3 匹配、neo-substrate 假设、结构建模、生成式设计、降解评价、蛋白组学验证、成药性转化、专利与 BD 决策,串成一个闭环,并明确每一步里人和 AI 各自该做什么、AI 在哪里靠谱、在哪里不能信。

普通课程讲
PROTAC 是什么、分子胶是什么
AI 可以辅助设计
IND 怎么申报
列举一堆工具
本体系讲
如何把一个分子胶想法变成可验证项目
如何用 AI 可复现地缩小实验空间,并识别假阳性
如何用蛋白组学证明机制、用 PK/PD 判断成药性
如何把数据变成资产、把能力变成平台与服务
02

模块总览

13 个知识域既是课程章节,也是知识库导航。它们沿五条线索组织——公共底座、机制线、设计线、转化线、决策线。点击任一模块进入在线学习页;按线索筛选可只看你关心的部分。

00蓝图 v2 新增 · 公共底座

反炒作与失败模式

Anti-Hype & Failure Modes
先学会怀疑:识别夸大、做红队、区分真假阳性。本版最重要的差异化模块。
在相信任何 AI 分子胶设计结果之前,我先要怀疑什么?
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01公共底座

分子胶第一性原理

First Principles
理解 induced proximity 的本质与边界;降解型 vs 非降解型、异源 vs 同源二聚。
分子胶到底是什么?
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02公共底座

TPD 与诱导邻近技术全景

TPD & Induced-Proximity Landscape
把分子胶放进 PROTAC、CELMoD、DAC、LYTAC、AUTAC 的整个降解版图里定位。
分子胶在整个降解版图中的位置是什么?
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03公共底座 · 决策起点

靶点、疾病与 E3 立项逻辑

Target, Disease & E3 Rationale
判断一个项目值不值得做:降解是否优于抑制、有无合适 E3、治疗窗口与专利空间。
哪些项目值得做?
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04机制线

Neo-substrate 发现与机制假设

Neo-substrate Discovery
分子胶最关键的不是“设计什么分子”,而是“它让谁和谁发生了新关系”。AI 负责假设生成,不是证据。
它让谁和谁发生了新关系?
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05设计线 · 基座

分子胶数据工程与 AI 知识库

Data Engineering & AI Knowledge Base
把数据变成可训练、可检索、可决策的资产。没有结构化数据,所谓 AI 只是聊天工具。
数据在哪里?怎么整理成资产?
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06设计线 · 机制线

结构 AI、三元复合物与机制建模

Structural AI & Ternary Complex
用结构提假说,并知道何时不能信——AF3 与 DeepTernary 是假说生成器,不是机制判官。
AI 能预测分子胶如何诱导复合物吗?
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07设计线

虚拟筛选与生成式分子设计

Virtual Screening & Generative Design
让 AI 提出“值得合成”的分子,而不是一堆漂亮分子;多目标约束同时满足。
如何让 AI 提出值得合成的分子?
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08设计线 · 转化线

降解活性评价与 AI-SAR 决策

Degradation Assay & AI-SAR
用与抑制剂不同的逻辑做 SAR:DC50、Dmax、kinetics、hook effect 与不确定性感知决策。
为什么分子胶 SAR 不能用抑制剂思维?
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09机制线 · 证据链

蛋白组学、脱靶与机制验证

Proteomics & Mechanism Validation
把蛋白组学当成核心证据链而非点缀;区分一级效应、off-target 与毒性机制。
为什么蛋白组学是核心证据链?
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10转化线

ADMET、PK/PD 与临床前转化

ADMET, PK/PD & Translation
从体外降解走到体内成药:血浆暴露 ≠ 靶组织暴露 ≠ 靶降解 ≠ 药效 ≠ 安全窗口。
体外降解强,为何不等于体内成药?
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11转化线

安全性、毒理与 IND 前开发

Safety, Tox & IND-enabling
正视分子胶最易被低估的风险——off-target degradation 与 lineage-specific toxicity。
分子胶最易被低估的风险是什么?
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12决策线

专利、竞品、BD 与商业化

IP · Competition · BD · Commercialization
科学成立 ≠ 商业值得做。FTO、白空间、竞品 pipeline、估值与 deal structure。
科学成立的项目,为何不一定商业值得做?
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13决策线 · 平台

AI 分子胶平台建设

AI Molecular-Glue Platform
把知识、数据、模型、实验与决策沉淀为公司级、可服务化的发现平台。
如何把全部能力变成组织能力?
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03

学习路径

同一套知识,对不同岗位的“必须精通 / 需要看懂 / 了解即可”是不同的。所有人共享模块 0–3 的公共底座,再按岗位分流,最后在毕业项目里重新合流协作。

药化 / 设计
Med-Chem / Design
精通立项、生成式设计与 AI-SAR;以“可合成、可证伪”的分子产出为核心。
计算 / AI
Computational / AI
精通数据工程、结构 AI、生成模型与平台建设;把能力沉淀为可复用系统。
生物 / 蛋白组学
Biology / Proteomics
精通 neo-substrate 发现与机制验证;用蛋白组学撑起整条证据链。
BD / 管线
BD / Pipeline
精通立项决策、专利、竞品与估值;从早期就引入商业视角。
精通 — 能独立交付产出 看懂 — 能与专家有效协作、判断结果好坏 了解 — 知道存在、知道何时该找人
模块药化 / 设计计算 / AI生物 / 蛋白组学BD / 管线
00 反炒作与失败模式
01 第一性原理
02 TPD 技术全景
03 立项逻辑
04 Neo-substrate 发现
05 数据工程与知识库
06 结构 AI 与三元复合物
07 虚拟筛选与生成式设计
08 降解评价与 AI-SAR
09 蛋白组学与机制验证
10 ADMET / PK / PD
11 安全性与 IND 前
12 专利 / 竞品 / BD
13 平台建设
04

能力地图

学完之后应具备的十项能力——既是教学目标,也是认证评估的对象。每一项都绑定到一个可考核的产出物。

1
看懂分子胶本质
可考核标志用一张机制图区分降解型/非降解型、异源/同源二聚化分子胶
2
判断项目是否值得做
可考核标志独立完成一份立项评分报告
3
构建数据资产
可考核标志交付一套数据库 schema 与抽取流程
4
用 AI 提科学假设
可考核标志写出可验证的 E3–substrate 假设
5
结构建模与机制解释
可考核标志识别“漂亮结构图陷阱”并给出验证设计
6
生成式分子设计
可考核标志输出带设计理由与风险说明的候选分子集
7
蛋白组学解读
可考核标志从一组蛋白组学数据写出机制判断
8
ADMET / PK / PD 转化
可考核标志输出 PK/PD 关联模型与给药方案建议
9
专利、BD 与商业判断
可考核标志完成一份 FTO + 竞品 + 估值的简版尽调
10
平台化建设
可考核标志产出一份平台蓝图
05

认证体系与价值链

不通过毕业项目不发证。认证分四级,对应不同的路径深度与交付门槛。

结业Foundation
公开课 + 模块 0–3;通过基础测验,理解共同语言与判断力。
专业Practitioner
完成本岗位 ● 单元;通过本路径量规 3 级 + 阶段作业。
项目认证Capstone
全流程毕业项目;通过毕业项目门槛与答辩。
团队认证Org
企业内训 + 平台落地;团队建成可运行的数据/SAR/决策闭环。

课程不是终点,而是把分子胶项目经验产品化、平台化、服务化的入口。三层互相导流、层层加价。

第 1 层 · 能力 个人与团队
公开课 / 企业内训 / 项目攻坚 → 结业证、专业证、毕业项目。
第 2 层 · 平台 Biotech / 药企
年度顾问陪跑,落地数据/模型/看板/决策系统 → 可运行的内部发现平台。
第 3 层 · 服务 规模化客户
把平台能力对外开放为 CRO 产品 → AI 分子胶发现服务、联合研发。

课程教会客户用同一套语言和判断力 → 顾问帮客户把数据沉淀成平台 → 平台成熟后对外变成 CRO 服务。真正的价值不是“卖几天课”,而是建立信任与方法论标准,再沿价值链向上变现。

06

课程的灵魂 · 七种思维

工具会过时,思维不会。这七种思维是课程真正要植入的东西,也是认证量规背后的价值观。

1机制思维
问“通过什么互作起作用”
不只问“有效吗”,而问通过什么互作、什么 E3、什么底物、什么泛素化过程起作用。
2数据思维
每个结果都变成数据
什么细胞、什么时间、什么浓度、降解了谁、Dmax 多少、能否 rescue、有无 off-target。
3闭环思维
AI 不是一次性预测
设计 → 合成 → 测试 → 蛋白组学 → SAR → 再设计,持续迭代。
4不确定性思维
概率与优先级,而非答案
AI 给的不是答案,而是概率与优先级;高方差的预测要排后验证。
5证据链思维
机制由链条支撑
binding + induced interaction + 泛素化 + 蛋白酶体/E3 依赖 + 底物突变 + 选择性 + 表型 rescue。
6转化思维
体外必须走向体内
细胞降解 → 组织降解 → 动物药效 → 毒性 → 临床 biomarker。
7商业思维
最终回答四个问题
能成药吗?有专利吗?有差异化吗?有临床价值与交易价值吗?